数字PCR十项应用：基因表达差异研究PCR可以提供比实时荧光定量PCR更精确的基因差异表达研究，尤其对于那些靶基因表达差异微小的情况，如：mRNA、microRNA、lncRNAs等的表达分析；等位基因的不平衡表达；单细胞基因表达分析；外泌体核酸分子定量分析等。
拷贝数变异（CNV）研究PCR直接读取阳性信号，通过泊松分布校正得到目标基因的绝对拷贝数，为拷贝数变异的研究提供了绝对的检测精度。采用PCR能够有效对二代测序（NGS）和微阵列比较基因组杂交（aCGH）等实验结果进行验证，并具有检测周期短、成本低、样本通量高等特点。
低丰度DNA模板分子的精确定量由于绝大部分微液滴中只含单个或不含模板分子，使得作用于单个微液滴内模板扩增的抑制剂数量大幅降低，从而提高PCR扩增对抑制剂的耐受程度，因此可应用于诸多临床样本（如血液、尿液、粪便、痰液、胸腹水、脑脊液等）中痕量核酸标记物的检测。一般而言，定量PCR的检测灵敏度约在1%，NGS的灵敏度可达到1%，而PCR的检测下限可轻松实现0.01%。
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