细胞学和病理学研究，通常是用肉眼或使用显微镜测试细胞、组织或器官标本，研究它们受疾病影响时发生的变化。通过专业的显微镜， 相机和成像软件系统提供特别适合病理研究应用的解决方案。荧光测量对许多生物学（叶绿素和类胡萝卜素）、生物医学（病变的荧光诊断） 和环境监测是必要的测量手段。对于大多数荧光应用来说，产生的荧光能量只相当于激发光能量的3% 左右。荧光的光子能量比激发光的光子能量要小（所以波长要长），而且一般都是散射光（在各个方向上辐射能量）。
在显微高光谱应用中，内置了照明和滤光片用于获取目标的显微荧光成像及荧光光谱信息，激发某一特定波长的光来激发样本，进而使样本产生相应的荧光信号，其显微镜的结构、光路、光源进行相应的设计以满足不同的应用需求，荧光显微镜非常适用于测量和分析各种光波长的吸收和激发。内置荧光显微镜设置利用平板分光器将照明器的光源转折至平行光学路径，从机械的角度来说，此设置的复杂程度低于其他数字视频显微镜系统。与大多数光学系统一样，此系统同样具备了传感器、光学组件以及受检测物体。
受检测物体可以包括物体如生物样品、植物或昆虫、玻璃或金属材料，以进行检测或作为检测目标。
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